これ表立っては見せれないんだぜ

コメントアウトです。
処理のメモ書きとかが主な仕様方法ですね。
落書きしてるサイトもたまーにあったりしますが
当然ながらIDPWとか書いちゃダメ
書き方には２種類あります。

単一行コメントアウト

その行だけコメントアウト扱いになります。
【//】を記述した以降の行はコメントアウトです。

// この行はコメントとして処理されない！
この行はJS処理として処理される！
var i = 0; // ここからコメントなんやで

複数行コメントアウト

指定された範囲がコメントアウト扱いになります。
【/*】から始まって【*/】までの範囲がコメント扱いになります

/*
コメント開始！
複数行コメントだー！ヒャッハー！
*/
処理

複数行コメントの注意点

【*/】を書かないと以下全部コメント扱いになります。
また、複数行コメント内に複数行コメントを入れることはできません。
最初の【*/】の時点でコメントアウトは終わりとみなされるので注意してください。

/*
コメント開始！
複数行コメントだー！ヒャッハー！
/*
いやぁっふぅぅぅうう
*/
ここからコメントじゃなくなる
*/

インデントはきちんとしよう！

地味ながら凄く大事なインデントです。
プラグインとかのminファイル(容量削減)の場合を除いて凄く大事です。
では何が大事なのか。以下見比べてみましょう

if(a == 'index')
{
if(b == 'おっさん')
{
for(var i = 0;i<=c.length;i++)
{
if(i==20)
{
alert('SUSHI食わせろ！！！！');
flg =1;
}
}
if(flg == 0)
{
switch(d)
{
case 1:
alert('私の戦闘力は53万です。');
break;
case 2:
alert('おどりゃ肉もってこんかい！');
break;
case 3:
alert('ふふふ。話を聞いてくれません');
break;
default:
alert('夜戦仮面参上！');
break
}
}
else
{
alert('そう(おなかが空けば)なればそう(ご飯が食べたくなる)よ');
}
}
else
{
alert('天丼はかえんこそ至高。天亭とかいう詐欺店は(行ったら)アカン');
}
}

if(a == 'index')
{
 if(b == 'おっさん')
 {
   for(var i = 0;i<=c.length;i++)
   {
     if(i==20)
     {
      alert('SUSHI食わせろ！！！！');
      flg =1;
     }
   }
   if(flg == 0)
   {
     switch(d)
     {
       case 1:
         alert('私の戦闘力は53万です。');
         break;
       case 2:
         alert('おどりゃ肉もってこんかい！');
         break;
       case 3:
         alert('ふふふ。話を聞いてくれません');
         break;
       default:
         alert('夜戦仮面参上！');
         break
     }
   }
   else
   {
     alert('そう(おなかが空けば)なればそう(ご飯が食べたくなる)よ');
   }
 }
 else
 {
   alert('天丼はかえんこそ至高。天亭とかいう詐欺店は(行ったら)アカン');
 }
}

というわけで、前者がいかに分かりにくくなっているのかがよく分かると思います。
基本入れ子で書いていくとみんなが幸せになりますので、心がけてください。